La Estructura Orgánica del Proyecto Especial Regional Pasto Grande de Moquegua es la siguiente:
1. Organos de Dirección
1.1. Consejo Directivo
1.2. Gerencia General
2. Organo de Control
2.1. Oficina de Control Institucional
3. Organos de Asesoramiento
3.1. Oficina de Planificación y Presupuesto
3.2. Oficina Asesoria Jurídica
4. Organo de Apoyo
4.1. Oficina de Administración
5. Organos de Línea
5.1. Gerencia de Proyectos y Desarrolo Agricola
5.2. Gerencia de Infraestructura