La Estructura Orgánica del Proyecto Especial Regional Pasto Grande de Moquegua es la siguiente:

1. Organos de Dirección

1.1. Consejo Directivo
1.2. Gerencia General

2. Organo de Control

2.1. Oficina de Control Institucional

3. Organos de Asesoramiento

3.1. Oficina de Planificación y Presupuesto
3.2. Oficina Asesoria Jurídica

4. Organo de Apoyo

4.1. Oficina de Administración

5. Organos de Línea

5.1. Gerencia de Proyectos y Desarrolo Agricola
5.2. Gerencia de Infraestructura